Virtual representations of nucleotide sequences

Details Virtual representations of nucleotide sequences Virtual representations of nucleotide sequences

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2526810

The invention provides oligonucleotide probes that can be used to hybridize to a representation of nucleic acid sequences. Compositions containing the probes such as microarrays are also provided. The invention also provides methods of using these probes and compositions in therapeutic, diagnostic, and research applications. Systems and methods for using a word counting algorithm that can quickly and accurately count the number of times a particular string of characters (i.e., nucleotides) appears in a nucleotide sequence (e.g., a genome) are provided. This algorithm can be used to identify the oligonucleotide probes of the invention. The algorithm uses a transform of a genome and an auxiliary data structure to count the number of times a particular word occurs in the genome.

L'invention concerne des sondes oligonucléotidiques pouvant être utilisées pour s'hybrider à une représentation de séquences d'acides nucléiques. L'invention concerne également des compositions contenant les sondes de type microréseaux. L'invention concerne également des procédés d'utilisation desdites sondes et compositions dans des applications thérapeutiques, diagnostiques, et de recherche. L'invention concerne des systèmes et des procédés d'utilisation d'un algorithme de comptage de mots qui peut compter de manière rapide et précise le nombre de fois qu'une chaîne particulière de caractères (c'est-à-dire, de nucléotides) apparaît dans une séquence nucléotidique (par exemple, un génome). Cet algorithme peut être utilisé afin d'identifier les sondes oligonucléotidiques de l'invention. Ledit algorithme utilise une transformée d'un génome et une structure de données auxiliaires pour compter le nombre de fois qu'un mot particulier apparaît dans le génome.

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