G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 33/68 (2006.01) C07K 14/195 (2006.01) G01N 33/15 (2006.01) G06F 17/50 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2429895
Structures of 70S ribosome compelxes containing messenger RNA (tRNA), or tRNA analogs, have been solved by x-ray crystallography at up to 5.5 Angstrom resolution. Many details of the interactions between tRNA and the ribosome, and of the packing arrangement of ribosomal RNA (rRNA) helices in and between the ribosomal subunits can be seen. Numerous contacts are made between the 30S subunit and the P-tRNA anticodon stem-loop; in contrast, the anticodon region of A-tRNA is much more exposed. A complex network of molecular interactions suggestive of a functional relay is centered around the long penultimate stem of 16S rRNA at the subunit interface, including interactions involving the "switch" helix and decoding site of 16S rRNA and RNA bridges from the 50S subunit. We have enhanced the resolution our 5.5 Angstrom resolution map by fitting atomic resolution structures of 30S and 50S subunits onto our 5.5 Angstrom electron density map. The enhanced structure reveals regions of structural differences between the 70S complex and the structures of the individual 30S and 50S components. Pharmacophore design to discover novel inhibitors or activators may be carried out using the enhanced 5.5 Angstrom 70S structure.
Des structures de complexes de ribosome 70S contenant de l'ARN messager et de l'ARN de transfert (ARNt), ou des analogues d'ARNt, ont été résolues par cristallographie aux rayons X à une résolution allant jusqu'à 5,5 angströms. Il est possible de voir de nombreux détails des interactions entre l'ARNt et le ribosome, et l'arrangement de configuration d'hélices d'ARN ribosomique (ARNr) dans et entre les sous-unités ribosomiques. De nombreux contacts sont formés entre la sous-unité 30S et la tige-boucle d'anticodon de P-ARNt; en contraste, la région anticodon de l'A-ARNt est beaucoup plus exposée. Un réseau complexe d'interactions moléculaires suggérant un relais fonctionnel est centré autour de la pénultième tige longue d'ARNr 16S à l'interface sous-unitaire, notamment des interactions impliquant le site d'hélice et de décodage "commutateur" de ponts d'ARNr et ARN 16S de la sous-unité 50S. Nous avons amélioré la résolution de notre carte de résolution à 5,5 angströms par adaptation de structures de résolution atomique de sous-unités 30S et 50S sur notre carte de densité électronique de 5,5 angströms. La structure améliorée fait apparaître des régions de différences structurales entre le complexe 70S et les structures des constituants individuels 30S et 50S. Une conception de pharmacophore destinée à découvrir de nouveaux inhibiteurs ou activateurs peut être menée à l'aide de la structure 70S de 5,5 angströms améliorée.
Baucom Albion E.
Cate Jamie H.d.
Dallas Anne
Lancaster Laura
Lieberman Kathy
Smart & Biggar
The Regents Of The University Of California
LandOfFree
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