Synthetic tag genes

Details Synthetic tag genes Synthetic tag genes

C - Chemistry, Metallurgy

12

N

C12N 15/11 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01) C12N 1/00 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2492203

In one aspect of the invention, a method to construct a synthetic "gene" composed of linked synthetic Tag gene sequences is provided. In one embodiment, the genes, about 500 to 4000 base pairs long, are made by annealing and extending overlapping 60mer oligonucleotides followed by cloning into a plasmid vector. Both poly(A)-tailed sense (Tag) RNA and antisense (Tag Probe) RNA can be produced from the clones by in-vitro transcription. In another embodiment, the genes can be used as exogenous spikes for any sample. In another aspect of the invention, these synthetic gene spikes can serve as normalization controls in gene expression monitoring experiments and can also be used to assess system specificity, sensitivity, and dynamic range. These synthetic Tag genes are thus useful in assay development, in product development and validation, and for quality control.

L'invention porte dans l'un de ses aspects, sur une méthode d'élaboration d'un "gène" de synthèse fait de séquences de gènes marqueurs de synthèse liés. Dans une exécution, des gènes, longs de 500 à 4000 paires de base sont obtenus par annelage et extension d'oligonucléotides recouvrants de 60 mer, puis clonage dans un vecteur plasmidique. On peut produire à la fois des ARN (marqueur) sens à plusieurs queux A et des ARN (marqueur sonde) à partir des clones par transcription in vitro. Dans une autre exécution, lesdits gènes peuvent servir de spicules exogènes pour tout échantillon. Delon un autre aspect de l'invention, ces spicules de gènes peuvent servir de références de normalisation dans des expériences d'observation d'expressions géniques, et pour évaluer les spécificités, la sensibilité, et la plage dynamique de systèmes. Lesdits gènes marqueurs de synthèse peuvent donc servir au développement de bioessais, au développement et à la validation d'essais et à des contrôles de qualité.

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