Nucleic acid detection assay

Details Nucleic acid detection assay Nucleic acid detection assay

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2537810

A method for determining the methylation status of a potential methylation site in genomic nucleic acid comprising treating genomic nucleic acid with an agent which modifies cytosine bases but does not modify 5~methyl-cytosine bases under conditions to form a. modified nucleic acid template containing a potential methylation site; providing a first clamp containing a first capture sequence complementary to a region flanking one side of the potential methylation site in the modified nucleic acid template, providing a second clamp containing a second capture sequence complementary to a region flanking the other side of the potential methylation site in the modified nucleic acid template; allowing the first clamp and the second clamp to hybridise to the modified nucleic acid template; ligating the hybridised first and second clamps to form a probe spanning the potential methylation site in the modified nucleic acid template; digesting the modified nucleic acid template to obtain the probe; and detecting the probe and determining the methylation status of the potential methylation site in the modified genomic nucleic acid.

L'invention concerne une méthode qui permet de déterminer l'état de méthylation d'un site de méthylation potentiel dans un acide nucléique génomique. La méthode consiste à traiter l'acide nucléique génomique avec un agent qui modifie les bases de la cytosine sans modifier les bases de la 5-méthyl-cytosine, dans des conditions propres à former une matrice de l'acide nucléique modifié contenant un site de méthylation potentiel; mettre en oeuvre un premier clamp clamp contenant une première séquence de capture complémentaire d'une zone flanquant un côté du site de méthylation potentiel dans la matrice de l'acide nucléique modifié; mettre en oeuvre un second clamp contenant une seconde séquence de capture complémentaire d'une zone flanquant l'autre côté du site de méthylation potentiel dans la matrice de l'acide nucléique modifié; permettre au premier clamp et au second clamp de s'hybrider à la matrice de l'acide nucléique modifié; ligaturer le premier et le second clamps hybridés pour former une sonde recouvrant le site de méthylation potentiel dans la matrice de l'acide nucléique modifié; digérer la matrice de l'acide nucléique modifié pour obtenir la sonde; et détecter la sonde et déterminer l'état de méthylation du site de méthylation potentiel dans l'acide nucléique génomique modifié.

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