C - Chemistry – Metallurgy – 07 – H
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
07
H
C07H 21/00 (2006.01) C07C 321/20 (2006.01) C07D 249/04 (2006.01) C07D 249/08 (2006.01) C07D 249/10 (2006.01) C07D 249/18 (2006.01) C07D 257/04 (2006.01) C07D 285/01 (2006.01) C07F 9/09 (2006.01) C07F 9/141 (2006.01) C07F 9/165 (2006.01)
Patent
CA 2561741
The present invention relates to processes and reagents for oligonucleotide synthesis and purification. One aspect of the present invention relates to compounds useful for activating phosphoramidites in oligonucleotide synthesis. Another aspect of the present invention relates to a method of preparing oligonucleotides via the phosphoramidite method using an activator of the invention. Another aspect of the present invention relates to sulfur-transfer agents. In a preferred embodiment, the sulfur-transfer agent is a 3- amino~1,2,4-dithiazolidine-5-one. Another aspect of the present invention relates to a method of preparing a phosphorothioate by treating a phosphite with a sulfur-transfer reagent of the invention. In a preferred embodiment, the sulfur-transfer agent is a 3-amino-1,2,4~dithiazolidine-5-one. Another aspect of the present invention relates to compounds that scavenge acrylonitrile produced during the deprotection of phosphate groups bearing ethylnitrile protecting groups. In a preferred embodiment, the acrylonitrile scavenger is a polymer-bound thiol. Another aspect of the present invention relates to agents used to oxidize a phosphite to a phosphate. In a preferred embodiment, the oxidizing agent is sodium chlorite, chloroamine, or pyridine-N- oxide. Another aspect of the present invention relates to methods of purifying an oligonucleotide by annealing a first single-stranded oligonucleotide and second single-stranded oligonucleotide to form a double-stranded oligonucleotide; and subjecting the double-stranded oligonucleotide to chromatographic purification. In a preferred embodiment, the chromatographic purification is high~performance liquid chromatography.
L'invention concerne des procédés et des réactifs utilisés dans la synthèse et la purification des oligonucléotides. Selon un aspect de l'invention, des composés sont utilisés pour activer des phosphoramidites dans la synthèse des oligonucléotides. Selon un autre aspect de l'invention, un procédé permet de préparer des oligonucléotides par l'intermédiaire du procédé de phosphoramidites au moyen d'un activateur de l'invention. L'invention concerne également des agents de transfert de soufre. Dans un mode de réalisation préféré de l'invention, l'agent de transfert du soufre est un 3-amino-1,2,4-dithiazolidine-5-one. L'invention concerne, de plus, un procédé pour préparer un phosphothioate comprenant le traitement d'un phosphite au moyen d'un réactif de transfert de soufre. Dans un mode de réalisation préféré, l'agent de transfert de soufre est un a 3-amino-1,2,4-dithiazolidine-5-one. Des composés extraient de l'acronitrile produit lors de la déprotection des groupes phosphates supportant des groupes de protection d'éthylnitrile. Dans un mode préféré de réalisation, l'agent d'épuration de l'acrylonitrile est un thiol à liaison polymère. Des agents sont utilisés pour oxyder un phosphite en phosphate. Ledit agent d'oxydation est une chlorite de sodium, un chloroamine, ou du N-oxyde pyridine. Des procédés comprennent la purification d'un oligonucléotide par hybridation d'un premier oligonucléotide monocaténaire et d'un second oligonucléotide monocaténaire de manière à former un oligonucléotide double brin, lesdits procédés comprennent également la soumission dudit oligonucléotide double brin à une purification chromatographique. Dans un mode de réalisation préféré de l'invention, la purification chromatographique est une chromatographique liquide hautes performances.
Jung Michael E.
Manoharan Muthiah
Pandey Rajendra K.
Rajeev Kallanthottathil G.
Wang Gang
Alnylam Pharmaceuticals Inc.
Riches Mckenzie & Herbert Llp
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1439382