C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01)
Patent
CA 2473308
It is one objective of the present invention to obtain reproducible representations of expressed mRNA molecules by exploiting a novel technique that relies on short, single stranded polynucleotide tags. In one preferred embodiment, only one polynucleotide tag is obtained from each mRNA molecule, and relatively simple counting statistics can thus be applied after identification and sampling of the different tags, or a subset of tags being present in the population of representative tags. The tags according to the present invention are preferably single stranded polynucleotide tags obtained by subjecting genetic material derived from a biological sample to at least one site-specific nicking endonuclease capable of i) recognizing a predetermined nucleotide motif comprising complementary nucleotide strands and ii) cleaving only one of said complementary strands in the process of generating the at least one single stranded polynucleotide tag. Accordingly, the present invention demonstrates that nicking endonucleases may advantageously be used for obtaining and isolating ssDNA tags. This novel approach in one embodiment eliminates the occurrence of any linker sequence in the ssDNA tag, and it eliminates the presence of a complementary strand in the isolated polynucleotide tag. The lack of linker sequence in the tag and the lack of any complementary strand serves to reduce the huge complexities associated with the analysis of expressed molecules in a biological sample.
L'invention concerne l'obtention de représentations reproductibles de molécules d'ARNm exprimées par exploitation d'une nouvelle technique reposant sur des marqueurs polynucléotidiques courts simple brin. Selon un mode de réalisation préféré, on obtient un seul marqueur polynucléotidique à partir de chaque molécule d'ARNm, puis on applique des statistiques de comptage relativement simples après identification et échantillonnage de différents marqueurs ou d'un sous-ensemble de marqueurs présents dans une population de marqueurs représentatifs. Les marqueurs de l'invention sont de préférence des marqueurs polynucléotidiques simple brin obtenus par soumission d'un matériau génétique dérivé d'un échantillon biologique à au moins une endonucléase de coupure spécifique d'un site capable i) de reconnaître un motif nucléotidique prédéterminé comprenant des brins nucléotidiques complémentaires, et ii) de cliver un seul des brins complémentaires dans le processus de génération du marqueur polynucléotidique simple brin. De ce fait, l'invention démontre qu'on peut utiliser avantageusement des endonucléases de coupure pour obtenir et isoler des marqueurs d'ADNss. Selon un mode de réalisation, cette nouvelle approche empêche l'apparition d'une séquence de liant quelconque dans le marqueur d'ADNss, et la présence d'un brin complémentaire dans le marqueur polynucléotidique isolé. L'absence de séquence de liant dans le marqueur et l'absence de brin complémentaire quelconque permet de réduire des complexités importantes associées à l'analyse des molécules exprimées dans un échantillon biologique.
Deeth Williams Wall Llp
Genomic Expression Aps
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1461061