C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2353793
Disclosed is a method for determining the number of repeat units in a repeat region of a target nucleic acid. The method comprises a discontinuous primer extension reaction wherein a primer is extended in discrete increments corresponding to a single repeat unit. Following each increment of primer extension, a detection step is performed in which a modulation in a signal is detected when the primer has been extended by an amount equal to the total length of a repeat region. By counting the number of increments of discrete primer extension required to cause a modulation in the signal, the number of repeat units making up the repeat region is determined. In the method, a plurality of different-sequence primers are contacted with a polynucleotide sample under conditions effective for the primers to anneal to primer- complementary regions in one or more target polynucleotides, to form one or more target-primer hybrid(s), wherein either (1) each different-sequence primer contains (i) a target binding segment and (ii) a tag segment having a nucleotide sequence that uniquely identifies the target binding segment, or (2) one or more polynucleotides in the sample are tagged polynucleotides that contain a tag segment having a nucleotide sequence that uniquely identifies the attached polynucleotide. The tagged moieties can conveniently be immobilized on an array of immobilized tag complements for analysis.
Cette invention se rapporte à un procédé pour déterminer le nombre d'unités de répétition dans une région de répétition d'un acide nucléique cible. Le procédé comprend une réaction discontinue d'extension d'amorce dans laquelle on effectue l'extension d'une amorce au moyen des incréments discrets correspondant à une unité de répétition unique. Après chaque incrément de l'extension d'amorce, on passe à l'étape de détection à laquelle une modulation d'un signal est détectée après qu'on a effectué l'extension de l'amorce pour une quantité égale à la longueur totale d'une région de répétition. En comptant le nombre d'incréments de l'extension d'amorce discrète qui sont nécessaires pour provoquer une modulation dans le signal, on détermine le nombre des unités de répétition constituant la région de répétition. Selon le procédé, plusieurs amorces à séquences différentes sont mises en contact avec un échantillon de polynucléotide dans des conditions efficaces pour anneler les régions complémentaires aux amorces dans un ou plusieurs polynucléotides cibles pour former un ou plusieurs hybrides cible-amorce, à condition que (1) sont chaque amorce de séquence différente contienne (i) un segment de liaison de cible et (ii) un segment de marquage possédant une séquence nucléotidique qui identifie de façon unique la segment de liaison de cible ou que (2) un ou plusieurs polynucléotides dans l'échantillon sont des polynucléotides étiquetés qui contiennent un segment d'étiquetage possédant une séquence nucléotidique qui identifie de façon unique le polynucléotide attaché. Les groupes fonctionnels étiquetés peuvent être aisément immobilisés sur un réseau de compléments d'étiquettes immobilisés, à des fins d'analyse.
Blasband Andrew J.
Livak Kenneth J.
Lowe Adam L.
Applied Biosystems Llc
Pe Corporation (ny)
Sim & Mcburney
LandOfFree
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