C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) G01N 21/64 (2006.01)
Patent
CA 2201756
An oligonucleotide probe is provided which includes a fluorescent reporter molecule and a quencher molecule capable of quenching the fluorescence of the reporter molecule. The oligonucleotide probe is constructed such that the probe exists in at least one single-stranded conformation when unhybridized where the quencher molecule is near enough to the reporter molecule to quench the fluorescence of the reporter molecule. The oligonucleotide probe also exists in at least one conformation when hybridized to a target polynucloetide where the quencher molecule is not positioned close enough to the reporter molecule to quench the fluorescence of the reporter molecule. By adopting these hybridized and unhybridized conformations, the reporter molecule and quencher molecule on the probe exhibit different fluorescence signal intensities when the probe is hybridized and unhybridized. As a result, it is possible to determine whether the probe is hybridized or unhybridized based on a change in the fluorescence intensity of the reporter molecule, the quencher molecule, or a combination thereof. In addition, because the probe can be designed such that the quencher molecule quenches the reporter molecule when the probe is not hybridized, the probe can be designed such that the reporter molecule exhibits limited fluorescence until the probe is either hybridized or digested. designed such that the reporter molecule exhibits limited fluorescence until the probe is either hybridized or digested.
Sonde oligonucléotidique comprenant un ligand fluorescent et une molécule extinctrice de fluorescence capable d'éteindre la fluorescence du ligand. La sonde oligonucléotidique peut se présenter au moins dans une configuration monocaténaire en l'absence d'hybridation, lorsque l'extincteur de fluorescence est suffisamment proche du ligand pour en éteindre la fluorescence. Elle peut également se présenter au moins dans une configuration hybridée avec un polynucléotide cible lorsque l'extincteur de fluorescence n'est pas suffisamment proche du ligand pour en éteindre la fluorescence. L'utilisation de ces configurations hybridée et non hybridée fait que le ligand et l'extincteur de fluorescence sur la sonde présentent différentes intensités de signal de fluorescence selon que la sonde est hybridée ou non. En conséquence, il est possible de déterminer si la sonde est hybridée ou non d'après les changements de l'intensité de fluorescence du ligand, de l'extincteur de fluorescence ou d'une combinaison des deux. Par ailleurs, étant donné que la sonde peut être conçue de telle sorte qu'un extincteur de fluorescence éteigne la fluorescence du ligand lorsque la sonde n'est pas hybridée, il est possible de déterminer d'emblée que le ligand aura une fluorescence limitée jusqu'à ce que la sonde soit hybridée ou digérée.
Flood Susan J.a.
Livak Kenneth J.
Marmaro Jeffrey
Mullah Khairuzzaman
Applied Biosystems Llc
Battison Williams Dupuis
Perkin-Elmer Corporation
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1510786