Protein fingerprint system and related methods

G - Physics – 01 – N

Patent

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G01N 33/68 (2006.01) G01N 33/542 (2006.01) G01N 33/58 (2006.01)

Patent

CA 2388384

Protein molecules (4a-4c, 10, 10a-10c) of interest are isolated and modified into linearized protein molecules (10, 10a-10c). Individual protein molecules are isolated for observation with hydrodynamic focusing apparatus (130), atomic force microscope (150), a separation plate (170), or the combination of isoelectric focusing gel (180), and electrophoresis gel (184). In the linearized protein molecule (10, 10a-10c) a first type of amino acid residue (K) is labelled with a first tag (12), and a second type of amino acid residue (C) is labelled with a second tag (14). Tags (12, 14) impart a detectable set of distinguishing characteristic ancillary properties (24, 34, 38, 44, 48, 52, 64, 68, 72, 120, 122, 206, 208, 210, 244, 246, 248) to the linearized protein molecule (10, 10a-10c) that define the fingerprint thereof. Protein fingerprints are recovered as images (206, 208, 210, 244, 246, 248) by camera (204) or fluorescence microscope (230), or as spectral analyses (24, 34, 38, 44, 48, 52, 64, 68, 72, 120, 122) by optical detector (15). Compilations of fingerprints for known protein molecules comprise fingerprint libraries to which the fingerprint of a protein molecule of interest is compared.

L'invention concerne des molécules de protéine (4a-4c, 10, 10a-10c) isolées et modifiées dans des molécules de protéine (10, 10a-10c) linéarisées. Des molécules de protéine individuelles sont isolées pour observation à l'aide d'un appareil (130) de mise au point hydrodynamique, d'un microscope (150) à forces atomiques, d'une plaque de séparation (170), ou d'une combinaison d'un gel isoélectrique (180) de mise au point et d'un gel électrophorétique (184). Dans les molécules de protéine (10, 10a-10c) linéarisées, un premier type de résidu d'acide aminé K est marqué à l'aide d'un premier marqueur (12), et un second type de résidu d'acide aminé C est marqué à l'aide d'un second marqueur (14). Ces marqueurs (12, 14) fournissent aux molécules de protéine (10, 10a-10c) linéarisées un ensemble caractéristique de propriétés de distinction (24, 34, 38, 44, 48, 52, 64, 68, 72, 120, 122, 206, 208, 210, 244, 246, 248) complémentaires qui définissent leurs empreintes. Les empreintes de molécules protéine sont récupérées sous forme d'images (206, 208, 210, 244, 246, 248) à l'aide d'une camera (204) ou d'un microscope à fluorescence (230), ou sous forme d'analyses spectrales (24, 34, 38, 44, 48, 52, 64, 68, 72, 120, 122) à l'aide d'un capteur optique (15). Des compilations d'empreintes de molécules de protéine sont listées dans des bibliothèques d'empreintes, l'empreinte d'une molécule de protéine considérée étant comparée aux empreintes connues.

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