C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/00 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G06F 17/00 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2335187
The present invention provides methods and systems for testing and confirming how well a network model represents a biological pathway in a biological system. The network model comprises a network of logical operators relating input cellular constituents (e.g., mRNA or protein abundances) to output classes of cellular constituents, which are affected by the pathway in the biological system. The methods of this invention provide, first, for choosing complete and efficient experiments for testing the network model which compare relative changes in the biological system in response to perturbations of the network. The methods also provide for determining an overall goodness of fit the network model to biological system by: predicting from the network model how output classes behave in response to the chosen experiments, finding measures of relative change of cellular constituents actually observed in the chosen experiments, finding goodnesses of fit of each observed cellular constituent to an output class with which the cellular constituent has the strongest correlation, and determining an overall goodness of fit of the network model from the individual goodnesses of fit of each observed cellular constituent. Additionally, these methods provide for testing the significance of the overall goodness of fit according to a nonparametric statistical test using an empirically determined distribution of possible goodnesses of fit. This invention also provides for computer systems for carrying out the computational steps of these methods.
La présente invention concerne des procédés et des systèmes permettant de tester et de confirmer à quel point un modèle de réseau représente une voie biologique dans un système biologique. Le modèle de réseau comporte un réseau d'opérateurs logiques reliant des constituants cellulaires d'entrée (p. ex. abondance d'ARNm ou de protéine) à des classes de sortie de constituants cellulaires qui sont influencés par la voie biologique dans le système biologique. Les procédés de l'invention permettent premièrement de choisir des expériences complètes et efficaces en vue de tester le modèle de réseau, qui comparent des modifications relatives dans le système biologique en réponse à des perturbations du réseau. Les procédés permettent également de déterminer un degré d'adéquation globale du modèle de réseau avec un système biologique, par la mise en oeuvre des étapes consistant à: prédire à partir du modèle de réseau le comportement de classes de sortie en réponse aux expériences choisies; trouver des mesures de modifications relatives de constituants cellulaires réellement observées dans les expériences choisies; trouver des adéquations entre chaque constituant observé et une classe de sortie avec laquelle le constituant cellulaire possède la corrélation la plus forte; et déterminer un degré d'adéquation globale du modèle de réseau à partir des adéquations individuelles de chaque constituant cellulaire observé. De plus, ces procédés permettent de tester l'importance de l'adéquation globale selon un test statistique non paramétrique utilisant une distribution empirique d'adéquations possibles. L'invention concerne également des systèmes informatiques permettant de mettre en oeuvre les étapes de ces procédés.
Karp Richard M.
Stoughton Roland
Osler Hoskin & Harcourt Llp
Rosetta Inpharmatics Inc.
LandOfFree
Methods for testing biological network models does not yet have a rating. At this time, there are no reviews or comments for this patent.
If you have personal experience with Methods for testing biological network models, we encourage you to share that experience with our LandOfFree.com community. Your opinion is very important and Methods for testing biological network models will most certainly appreciate the feedback.
Profile ID: LFCA-PAI-O-1559744