C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2405412
The present invention is directed to a method of designing a plurality of capture oligonucleotide probes for use on a support to which complementary oligonucleotide probes will hybridize with little mismatch, where the plural capture oligonucleotide probes have melting temperatures within a narrow range. The first step of the method involves providing a first set of a plurality of tetramers of four nucleotides linked together, where (1) each tetramer within the set differs from all other tetramers in the set by at least two nucleotide bases, (2) no two tetramers within a set are complementary to one another, (3) no tetramers within a set are palindromic or dinucleotide repeats, and (4) no tetramer within a set has one or less or three or more G or C nucleotides. Groups of 2 to 4 of the tetramers from the first set are linked together to form a collection of multimer units. From the collection of multimer units, all multimer units formed from the same tetramer and all multimer units having a melting temperature in ~C of less than 4 times the number of tetramers forming a multimer unit are removed to form a modified collection of multimer units. The modified collection of multimer units is arranged in a list in order of melting temperature. The order of the modified collection of multimer units is randomized in 2~C increments of melting temperature.
L'invention concerne un procédé de conception de plusieurs sondes oligonucléotidiques de capture à utiliser sur un support auquel des sondes oligonucléotidiques complémentaires vont s'hybrider avec peu de mésappariements, ce procédé étant caractérisé en ce que les sondes oligonucléotidiques de capture possèdent des températures de fusion se situant dans une plage étroite. La première étape du procédé consiste à préparer un premier ensemble de plusieurs tétramères de quatre nucléotides liés ensemble, dans lequel (1) chaque tétramère de l'ensemble est différent de tous les autres tétramères en ce qu'il comprend au moins deux bases nucléotidiques différentes, (2) il n'existe pas deux tétramères d'un ensemble qui soient complémentaires l'un de l'autre, (3) aucun tétramère d'un ensemble n'est une répétition palindromique ou dinucléotidique, et (4) aucun tétramère de l'ensemble ne possède un ou moins, ou trois ou plus, nucléotides G ou C. Des groupes de 2 à 4 des tétramères provenant du premier ensemble sont liés ensemble pour former une collection d'unités multimères. On enlève de cette collection d'unités multimère, toutes les unités multimères formées à partir du même tétramère, et toutes les unités multimères possédant une température de fusion, en degrés Celsius, inférieure à 4 fois le nombre de tétramères formant une unité multimère, afin de former une collection modifiée d'unités multimères. On agence ensuite cette collection modifiée d'unités multimères, dans un liste, par ordre de température de fusion, cet ordre de collection modifiée d'unités multimères étant déterminé de façon aléatoire en incréments de 2 ·C de température de fusion.
Barany Francis
Favis Reyna
Gerry Norman P.
Kliman Richard
Zirvi Monib
Cornell Research Foundation Inc.
Gowling Lafleur Henderson Llp
LandOfFree
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