Bindingzyme arrays and high-throughput proteomic methods

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G - Physics

01

N

G01N 33/543 (2006.01) C12N 9/00 (2006.01) C12N 11/00 (2006.01) C40B 30/04 (2006.01) C40B 40/10 (2006.01) C40B 50/00 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G01N 33/574 (2006.01) C12Q 1/34 (2006.01)

Patent

CA 2511316

Provided herein are methods for identifying the presence or absence of a polypeptide variance between different biological samples and corresponding methods for generating a high-throughput screen to rapidly identify variances of one or more polypeptides in different biological samples. In particular, a variance in a post-translational modification on a particular polypeptide in the biological samples can be identified, such as the presence or absence of a polypeptide having an attached phosphoryl moiety, for example. In these methods, a catalytically inactivated enzyme (i.e. bindingzyme) is utilized as a substrate-specific binding protein. These bindingzymes can bind to one or more substrates in biological samples and a bound substrate can act as a marker to distinguish one sample from another. These methods also are useful for isolating substrates for their identification, for the detection of substrates in a sample, and for the discovery and development of ethical drugs.

L'invention concerne des procédés permettant d'identifier la présence ou l'absence d'une variance polypeptidique entre différents échantillons biologiques, et des procédés correspondants permettant de produire un criblage haut débit afin d'identifier rapidement les variances d'un ou de plusieurs polypeptides dans différents échantillons biologiques. L'invention porte en particulier sur l'identification d'une variance dans la modification post-traduction sur un polypeptide particulier présent dans les échantillons biologiques, telle que la présence ou l'absence d'un polypeptide possédant une fraction phosphoryle attachée par exemple. Ces procédés comprennent l'utilisation d'un enzyme catalytiquement inactivé (p. ex. enzyme de liaison) en tant que protéine de liaison spécifique d'un substrat. Ces enzymes de liaison peuvent se lier à un ou à plusieurs substrats présents dans les échantillons biologiques, et un substrat lié peut servir de marqueur permettant de distinguer un échantillon d'un autre. Ces procédés peuvent être utilisés en outre pour l'isolement des substrats en vue de leur identification, la détection des substrats dans un échantillon, ainsi que pour la découverte et la mise au point et de produits relevant d'une prescription médicale.

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