G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 30/88 (2006.01) B01D 15/36 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G01N 30/96 (2006.01) B01D 15/16 (2006.01) G01N 30/30 (2006.01)
Patent
CA 2393849
In an extensive Matched Ion Polynucleotide Chromatography (MIPC) system and method, and the computer programs or software associated therewith, the system provides automated options for sample selection, mobile phase gradient selection and control, column and mobile phase temperature control, and fragment collection for a wide variety of MIPC separation processes. MIPC separation processes can be applied to effect size-based separation of DNA fragments, mutation detection, DNA fragment purification, PCR process monitoring and other novel processes. This invention is directed to the system and software which automates many of these procedures, facilitating use of the system to achieve complex separation methods. In one embodiment of the invention, a user specifies a size range of double stranded DNA fragment(s) in a mixture, the software calculates a solvent gradient to elute the fragment(s), and the system performs the chromatographic separation using the calculated gradient. In an embodiment useful in DNA mutation detection, a user specifies the base sequence of a wild type DNA molecule, the software calculates a temperature for partially denaturing heteroduplex and homoduplex molecules of the DNA in a mixture, the software calculates a solvent gradient to elute the fragments, and the system performs the chromatographic separation using the calculated gradient and temperature.
Dans le cadre d'un vaste système et d'un procédé de chromatographie de polynucléotides par ions appariés, et des programmes informatiques ou logiciels qui leur sont associés, le système selon l'invention offre les options automatiques de sélection d'échantillons, de sélection et de commande du gradient de phase mobile, de commande de la colonne et de la température de la phase mobile, et de collecte de fragments d'une large gamme de procédés de séparation par chromatographie de polynucléotides par ions appariés. Lesdits procédés de séparation par chromatographie de polynucléotides par ions appariés peuvent être utilisés pour la séparation de fragments d'ADN en fonction de leur taille, la détection des mutations, la purification des fragments d'ADN, la surveillance du processus d'amplification PCR et autres nouveaux procédés. La présente invention concerne donc un système et un logiciel qui automatisent bon nombre de ces procédures, ce qui facilite l'utilisation du système pour la mise en oeuvre de procédés de séparation complexes. Dans un mode de réalisation de l'invention, l'utilisateur spécifie une plage de tailles de fragments d'ADN double brin dans un mélange, le logiciel calcule un gradient de solvant pour éluer lesdits fragments, et le système procède à la séparation chromatographique sur la base du gradient calculé. Dans un mode de réalisation utile pour la détection des mutations d'ADN, l'utilisateur spécifie la séquence de base d'une molécule d'ADN du type sauvage, le logiciel calcule une température de dénaturation partielle des molécules hétéroduplex et homoduplex de l'ADN dans un mélange, le logiciel calcule un gradient de solvant pour éluer les fragments, et le système procède à la séparation chromatographique sur la base du gradient et de la température calculés.
Gjerde Douglas T.
Taylor Paul D.
Dennison Associates
Transgenomic Inc.
LandOfFree
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