Novel g protein-coupled receptor

Details Novel g protein-coupled receptor Novel g protein-coupled receptor

C - Chemistry, Metallurgy

12

N

C12N 15/12 (2006.01) A01K 67/027 (2006.01) A61K 38/17 (2006.01) C07K 14/705 (2006.01) C07K 14/72 (2006.01) C07K 16/28 (2006.01) C07K 19/00 (2006.01) C12N 1/19 (2006.01) C12N 1/21 (2006.01) C12N 5/10 (2006.01) C12Q 1/02 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G01N 33/50 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G01N 33/566 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01)

Patent

CA 2418130

It is intended to provide a novel G protein-coupled receptor (GPCR) gene which makes it possible to find a signal transduction mechanism in vivo or to identify a novel drug-target protein and a method of totally searching for a GPCR protein on data base. Open reading frames (ORFs) consisting of from 250 to 1000 amino acid residues are extracted from human-origin genome data and ORFs originating in DNA repeated sequences, ORFs containing many indefinite amino acids and ORFs having a single amino acid at a ratio of 20% or more are excluded therefrom. Then ORFs containing 6 to 8 transmembrane domains are extracted by using SOSUI. Among the ORFs thus obtained, a gene homologous with a known GPCR gene (preferably a gene showing the highest homology with a GPCR gene or a GPCR-associated gene in homology searching) is searched for.

L'invention concerne un gène récepteur couplé à une protéine G (GPCR) permettant de trouver un mécanisme de transduction des signaux in vivo ou d'identifier une protéine cible de médicament et un procédé de recherche complète d'une protéine GPCR dans une base de données. Des cadres de lecture ouverts (ORF) contenant entre 250 et 1000 résidus d'aminoacides sont extraits des données génome d'origine humaine et des ORF provenant de séquences d'ADN répétées, des ORF contenant plusieurs aminoacides indéfinis et des ORF possédant un seul aminoacide dans un rapport d'au moins 20 % y sont exclus. Ensuite, les ORF contenant 6 à 8 domaines transmembranaires sont extraits au moyen de SOSUI. Parmi les ORF ainsi obtenus, un gène homologue comprenant un gène GPCR connu (de préférence, un gène démontrant la plus grande homologie avec un gène GPCR ou un gène associé à GPCR dans la recherche d'homologie) est recherché.

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