Computational protein probing to identify binding sites

Details Computational protein probing to identify binding sites Computational protein probing to identify binding sites

G - Physics

01

N

G01N 33/50 (2006.01) C40B 50/04 (2006.01)

Patent

CA 2517233

Provided is a computer implemented method of analyzing a macromolecule for potential binding sites, comprising: positioning an instance of a computer representation of an organic fragment at a plurality of potential binding sites of the macromolecule; selecting a value of B, wherein B = ~~/kT + ln<N>, where ~~ is the excess chemical potential, k is Boltzmann's constant, T is the absolute temperature, and <N> is the mean number of molecules of the organic fragment; repositioning the instances of the organic fragment until a minimized energy state is obtained; assessing, for each instance of the repositioned organic fragment, whether the repositioned organic fragment binds to the macromolecule at the associated potential binding site at the selected value of B; deleting instances of the organic fragment that do not bind at the associated potential binding site at the selected value of B; repeating these steps at a lesser value of B; and outputting a list of undeleted instances of the organic fragment; provided that the organic fragment is not water.

L'invention concerne un procédé informatique permettant d'analyser une macromolécule à la recherche de sites de liaison potentiels, qui consiste à placer une instance d'une représentation informatique d'un fragment organique à une pluralité de sites de liaison potentiels de la macromolécule ; à choisir une valeur de <I>B</I>, <I>B</I> étant = µ'/kT + ln<<I>N</I>> µ représentant le potentiel chimique excédentaire, k la constante de Boltzmann, T la température absolue et <<I>N</I>> le nombre moyen de molécules du fragment organique ; à replacer les instances du fragment organique jusqu'à l'obtention d'un état d'énergie minimisé ; à évaluer, pour chaque instance du fragment organique replacé, si ledit fragment se lie à la macromolécule au niveau du site de liaison potentiel associé à la valeur choisie de <I>B </I>; à supprimer les instances du fragment organique qui ne se lient pas au niveau du site de liaison potentiel associé à la valeur choisie de <I>B </I>; à répéter ces étapes avec une valeur de <I>B</I> moindre ; et à sortir une liste des instances non supprimées du fragment organique ; pour autant que le fragment organique ne soit pas de l'eau.

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