A process to study changes in gene expression in t lymphocytes

C - Chemistry – Metallurgy – 07 – H

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Details

C07H 21/04 (2006.01) C12N 15/00 (2006.01) C12Q 1/02 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G01N 33/50 (2006.01)

Patent

CA 2326827

Methods are disclosed to identify T lymphocyte genes that are differentially expressed upon exposure to a pathogen (viral or bacterial), immunogen, antigen, or in a sterile inflammatory disease, autoimmune disease, immunodeficiency disease, lymphocytic cancers, or graft versus host rejection. The method involves the preparation of a gene expression profile of a T lymphocyte population exposed to a pathogen or isolated from a subject having one of the aforementioned pathologies and comparing that profile to a profile prepared from quiescent T lymphocytes. The present invention is particularly useful for identifying cytokine genes, genes encoding cell surface receptors and genes encoding intermediary signalling molecules. Related methods for identifying therapeutic or prophylactic immunomodulatory agents are presented. Articles of manufacture are disclosed that comprise selected grouping of nucleic acids, affixed to a solid support, that correspond to genes that are differentially expressed in various populations or subpopulations of T lymphocytes at variations stages of T cell differentiation, in quiescent versus activated T lymphocytes or normal versus diseased T lymphocytes.

On décrit des procédés qui permettent d'identifier des gènes de lymphocyte T exprimés de façon différenciée au contact d'un agent pathogène ou immunogène ou d'un antigène, ou dans le cas d'une maladie inflammatoire stérile ou auto-immune ou immunodéficiente, ou encore dans le cas de cancers lymphocytaires ou de rejets du greffon contre l'hôte. Le procédé consiste à préparer un profil d'expression génique d'une population de lymphocytes T exposée à un agent pathogène ou isolée d'un sujet atteint d'une des pathologies susmentionnées, puis à comparer ce profil avec un profil préparé à partir de lymphocytes T quiescents. Le procédé de l'invention est particulièrement utile pour l'identification de gènes des cytokines, de gènes codant des récepteurs de surface cellulaire et de gènes codant des molécules signal intermédiaires. On décrit également des procédés connexes d'identification d'agents immunomodulateurs thérapeutiques ou prophylactiques. On décrit enfin la production d'articles comprenant un groupement choisi d'acides nucléiques fixé à un support solide et correspondant à des gènes exprimés de façon différenciée chez diverses populations ou sous-populations de lymphocytes T, à différents stades de la différentiation cellulaire dans des lymphocytes T quiescents par opposition à des lymphocytes T activés ou dans dans des lymphocytes T sains par opposition à des lymphocytes T malades.

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