C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01) C12N 15/63 (2006.01) C12P 19/34 (2006.01) C12Q 1/00 (2006.01)
Patent
CA 2222581
The invention provides a method of tracking, identifying and/or sorting classes or subpopulation of molecules by the use of oligonucleotide tags. Oligonucleotide tags of the invention comprise oligonucleotides selected from a minimally cross-hybridizing set. Preferably, such oligonucleotides each consist of a plurality of subunits 3 to 9 nucleotides in length. A subunit of a minimally cross-hybridizing set forms a duplex or triplex having two or more mismatches with the complement of any other subunit of the same set. The number of oligonucleotide tags available in a particular embodiment depends on the number of subunits per tag and on the length of the subunit. An important aspect of the invention is the use of the oligonucleotide tags for sorting polynucleotides by specifically hybridizing tags attached to the polynucleotides to their complements on solid phase supports. This embodiment provides a readily automated system for manipulating and sorting polynucleotides, particularly useful in large- scale parallel operations, such as large-scale DNA sequencing, mRNA fingerprinting, and the like, wherein many target polynucleotides or many segments of a single target polynucleotide are sequenced simultaneously.
L'invention concerne un procédé pour déceler, identifier et/ou trier des classes ou des sous-populations de molécules, en utilisant des marqueurs oligonucléotidiques. Les marqueurs oligonucléotidiques de l'invention comprennent des oligonucléotides choisis dans un jeu à hybridation croisée minimale. De préférence, ces oligonucléotides consistent chacun en une pluralité de sous-unités ayant de 3 à 9 nucléotides de longueur. Une sous-unité d'un jeu à hybridation croisée minimale forme un duplex ou un triplex présentant deux défauts d'appariement ou davantage avec le complément d'une autre sous-unité quelconque du même jeu. Le nombre de marqueurs oligonucléotidiques disponibles dans une forme d'exécution particulière dépend du nombre de sous-unités par marqueur et de la longueur de la sous-unité. Un aspect important de l'invention est l'utilisation de ces marqueurs oligonucléotidiques pour trier des polynucléotides par hybridation spécifique des marqueurs fixés aux polynucléotides, avec leurs compléments, sur des supports solides. Cette forme d'exécution permet d'assurer d'une manière automatique la manipulation et le triage de polynucléotides, ce qui est particulièrement utile dans des opérations parallèles à grande Bchelle, comme par exemple le séquençage d'ADN à grande échelle, la cartographie d'ARNm et dans des opérations similaires où de nombreux polynucléotides cibles ou de nombreux segments d'un polynucléotide cible unique sont séquencés simultanément.
Albrecht Glenn
Brenner Sydney
Gowling Lafleur Henderson Llp
Lynx Therapeutics Inc.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1900958