Identical-by-descent fragment enrichment

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2388921

Methods of identifying DNA fragments comprising DNA that is identical by descent for two individuals are disclosed. The methods comprise obtaining a sample of genomic DNA from each of two individuals; contacting the samples of genomic DNA with a restriction endonuclease; methylating one of the DNA samples; mixing the methylated DNA sample and the unmethylated DNA sample, and incubating the DNA sample mixture under denaturing conditions; further incubating the DNA sample mixture under conditions which allow re-annealing of the DNA samples to form a mixture comprising homohybrid DNA fragments and heterohybrid DNA fragments; contacting the mixture with restriction endonuclease(s) which digest homohybrid DNA fragments; contacting the mixture with an endonuclease(s) which cleaves both strands of a mismatch-containing heterohybrid DNA fragment, to form a DNA sample mixture comprising perfectly- matched heterohybrid DNA fragments which are enriched in DNA fragments that are identical by descent for the two individuals.

L'invention concerne des méthodes d'identification de fragments d'ADN contenant de l'ADN identique par descendance pour deux individus. Les méthodes consistent à obtenir un échantillon d'ADN génomique provenant de chacun de deux individus, à mettre les échantillons de l'ADN génomique en contact avec une endonucléase de restriction, à méthyler un des échantillons d'ADN, à mélanger l'échantillon d'ADN méthylé et l'échantillon d'ADN non méthylé et à laisser incuber le mélange d'échantillons d'ADN dans des conditions de dénaturation, à laisser incuber davantage le mélange d'échantillons d'ADN dans des conditions permettant le ré-annelage des échantillons d'ADN pour former un mélange contenant des fragments d'ADN homohybride et des fragments d'ADN hétérohybride, à mettre le mélange en contact avec une ou des endonucléases de restriction lesquelles digèrent les fragments d'ADN homohybride, à mettre le mélange en contact avec une ou des endonucléases clivant les deux brins d'un fragment d'ADN hétérohybride contenant un mésappariement, pour former un mélange d'échantillons d'ADN contenant des fragments d'ADN hétérohybride parfaitement appariés, lesquels sont enrichis de fragments d'ADN identiques par descendance pour les deux individus.

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