C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2239896
The allelic type of a polymorphic genetic locus in a sample is identified by first combining the sample with a sequencing reaction mixture containing a polymerase, nucleoside feedstocks, one type of chain terminating nucleoside and a sequencing primer to form a plurality of oligonucleotide fragments of differing lengths, and then evaluating the length of the oligonucleotide fragments. As in a standard sequencing procedure, the lengths of the fragments indicate the positions of the type of base corresponding to the chain terminating nucleotide in the extended primer. Instead of performing and evaluating four concurrent reactions, one for each type of chain terminating nucleotide, however, the sample is concurrently combined with at most three and preferably only one, sequencing reaction mixtures containing different types of chain terminating nucleotides. The information obtained from this test is evaluated prior to performing any additional tests on the sample. In many cases, evaluation of the positions of only a single base using one sequencing reaction will allow for allelic typing of the sample.
Le type de l'allèle d'un locus génétique polymorphe dans un échantillon est identifié en combinant d'abord l'échantillon avec un mélange réactionnel de séquençage contenant une polymérase, des nucléosides d'apport, un type de nucléoside pour terminaison de chaîne et une amorce de séquençage pour former une pluralité de fragments oligonucléotidiques de différentes longueurs, et ensuite en évaluant la longueur des fragments oligonucléotidiques. Comme dans une procédure de séquençage standard, les longueurs des fragments indiquent les positions du type de base correspondant au nucléotide de terminaison de chaîne dans l'amorce augmentée. Au lieu d'effectuer et d'évaluer quatre réactions simultanées, une pour chaque type de nucléotide de terminaison, l'échantillon est combiné simultanément avec au plus trois, et de préférence seulement un, mélanges de séquençage contenant différents types de nucléotides de terminaison de chaîne. L'information obtenue dans cet essai est évaluée avant d'effectuer des tests additionnels sur l'échantillon. Dans beaucoup de cas, l'évaluation des positions d'une seule base en utilisant une réaction de séquençage va permettre d'identifier l'allèle de l'échantillon.
Dunn James M.
Green Ronald J.
Leushner James
Stevens John K.
Bayer Healthcare Llc
Torys Llp
Visible Genetics Inc.
LandOfFree
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