Automated dna sequencing

Details Automated dna sequencing Automated dna sequencing

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2207952

A method of automatically sequencing DNA comprises repeatedly determining the next base in the sequence as a function not only of a physical measurement made at that position, but also as a function of previously-determined near by bases in the same sequence. Typically, a computer algorithm is used which predicts the value of the expected measurement at a given position based upon a knowledge of the bases in previous and/or subsequent positions. The predicted measurment is then compared with the actual measurement, and the base chosen at that position is the base which minimises the accumulated error measure for the entire sequence. The preferred algorithm, which may be parallel or sequential, preferably includes physical modelling of the replication effect and of the fluorescence effect.

L'invention concerne un procédé de séquençage automatique de l'ADN consistant à déterminer d'une manière répétée la base suivante de la séquence en fonction non seulement de la mesure physique faite à cette position, mais également en fonction des bases proches déterminées précédemment, dans la même séquence. Normalement, on utilise un algorithme d'ordinateur pour prédire la valeur des mesures attendues à une position donnée, sur la base de la connaissance des bases dans les positions précédentes et/ou subséquentes. La mesure prévue est alors comparée avec la mesure réelle et la base choisie dans cette position est celle qui minimise l'erreur de mesure accumulée sur toute la séquence. L'algorithme préféré, qui peut être parallèle ou séquentiel, comprend de préférence un modelage physique de l'effet de réplication et de l'effet de fluorescence.

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