Generation and selection of protein library in silico

Details Generation and selection of protein library in silico Generation and selection of protein library in silico

C - Chemistry, Metallurgy

07

K

C07K 16/22 (2006.01) G06F 19/22 (2011.01) C12N 15/00 (2006.01) C40B 30/02 (2006.01) C40B 50/02 (2006.01) C40B 50/06 (2006.01) C07K 16/00 (2006.01) C40B 40/10 (2006.01)

Patent

CA 2485732

The present invention provides a methodology for efficiently generating and screening protein libraries for optimized proteins with desirable biological functions, such as improved binding affinity towards biologically and/or therapeutically important target molecules. The process is carried out computationally in a high throughput manner by mining the ever-expanding databases of protein sequences of all organisms, especially human. In one embodiment, a method for constructing a library of designed proteins, comprising the steps of: providing an amino acid sequence derived from a lead protein, the amino acid sequence being designated as a lead sequence; comparing the lead sequence with a plurality of tester protein sequences; and selecting from the plurality of tester protein sequences at least two peptide segments that have at least 15% sequence identity with the lead sequence, the selected peptide segments forming a hit library; and forming a library of designed proteins by substituting the lead sequence with the hit library. The library of designed proteins can be expressed in vitro or in vivo to produce a library of recombinant proteins that can be screened for novel or improved function(s) over the lead protein, such as an antibody against therapeutically important target.

L'invention concerne un procédé de production et de criblage de banques de protéines pour détecter des protéines optimisées qui possèdent les fonctions biologiques recherchées, telles qu'une affinité de liaison améliorée pour des molécules cibles biologiquement et/ou thérapeutiquement intéressantes. Ce procédé consiste à appliquer des calculs à grand débit pour extraire des bases de données toujours croissantes de séquences de protéines de tous les organismes, plus particulièrement, des organismes humains. Dans un mode de réalisation, un procédé permettant de produire une banque de protéines spécifiquement conçues, consiste à : fournir une séquence d'acides aminés dérivée d'une protéine de tête, cette séquence d'acides aminés étant conçue comme une séquence de tête ; comparer la séquence de tête à une pluralité de séquences de protéines d'essai; sélectionner parmi la pluralité des séquences de protéines d'essai au moins deux segments de peptides qui partagent au moins 15% de l'identité de séquence avec la séquence de tête, les segments de peptides sélectionnés formant une banque cible; et enfin, former une banque de protéines spécifiquement conçues en substituant la séquence de tête à la banque cible. La banque de protéines spécifiquement conçues peut être exprimée in vitro ou in vivo pour produire une banque de protéines recombinées pouvant être criblée pour détecter de nouvelles fonctions ou des fonctions améliorées par rapport à la protéine de tête, par exemple, un anticorps agissant contre une cible thérapeutiquement importante.

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Profile ID: LFCA-PAI-O-1759002