C - Chemistry – Metallurgy – 12 – N
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
N
C12N 15/66 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2496517
This invention relates to 'genome partitioning' and nucleic library construction, for example for sequence variation discovery and screening. The method employs a plurality of restriction enzymes in order to reliably reproduce a representative partition of the entirety of a sample nucleic acid based on the restriction ends of one or more 'layers' of the fragments present. In preferred embodiments there is provided a method for producing a nucleic acid library, which library contains a plurality of different nucleic acid fragments, the method comprising: (i) digesting the sample nucleic acid with a plurality of different restriction enzymes to generate a plurality of different layers of fragments, wherein each layer is a group of fragments having a unique combination of restriction ends, and wherein the combination of layers represents the entirety of the sample nucleic acid, (ii) optionally purifying said fragments, (iii) selecting a desired sub-set of layers according to the unique restriction ends of said layers, (iv) ligating said sub-set of layers into vectors adapted to receive it, (v) transforming host cells with the vectors(vi) culturing said host cells to provide said library containing said partition of the sample nucleic acid. The inventionalso provides systems, methods and functions for designing and optimising such libraries, and genotyping 'chips' based on the genome partitioning methods.
L'invention concerne le <=partitionnement de génome>= et la construction de banques nucléiques, par exemple pour la découverte et le criblage de variations de séquences. Ce procédé fait intervenir une pluralité d'enzymes de restriction afin de reproduire de manière fiable une partition représentant la totalité d'un acide nucléique échantillon en fonction des extrémités de restriction d'une ou de plusieurs <=couches>= des fragments présents. Dans des modes de réalisation préférés, l'invention concerne un procédé de production d'une banque d'acides nucléiques qui contient une pluralité de fragments d'acides nucléiques différents. Ce procédé consiste: (i) à digérer l'acide nucléique échantillon au moyen d'une pluralité d'enzymes de restriction différentes afin de générer une pluralité de couches différentes de fragments, chaque couche étant un groupe de fragments présentant une combinaison unique d'extrémités de restriction, la combinaison des couches représentant la totalité de l'acide nucléique échantillon; (ii) éventuellement à purifier lesdits fragments; (iii) à sélectionner un sous-ensemble désiré de couches en fonction des extrémités de restriction uniques desdites couches; (iv) à ligaturer ledit sous-ensemble de couches en vecteurs conçus pour recevoir celui-ci; (v) à transformer les cellules hôtes au moyen des vecteurs; (vi) et à cultiver lesdites cellules hôtes afin d'obtenir ladite banque contenant ladite partition de l'acide nucléique échantillon. L'invention concerne également des systèmes, des procédés et des fonctions permettant de concevoir et d'optimiser lesdites banques, et de génotyper des <=puces>= en fonction des procédés de partitionnement de génome.
Zhu Jiahui
Fetherstonhaugh & Co.
Plant Bioscience Limited
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1939885