Mass spectrometry biomarker assay

Details Mass spectrometry biomarker assay Mass spectrometry biomarker assay

G - Physics

01

N

G01N 33/50 (2006.01) G01N 33/574 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01)

Patent

CA 2651934

The invention provides a method for determining the presence of one or more polypeptide biomarkers in a sample, comprising the steps of: (a) subjecting the sample to a mass spectrometric (MS) analysis and recording retention time index and corresponding mass for each signal detected; (b) con-elating the mass corresponding to each signal to a reference database of biomarker masses to form a con-elation between each signal and a reference biomarker, and discarding those signals whose masses do not correlate to a reference boimarker mass; (c) storing those signals whose masses correlate with a reference biomarker; (d) confirming the con-elation between each stored signal and a reference biomarker by matching the MS spectrum of each signal with the MS spectrum of the reference biomarker in the database using a similarity measure, to define a set of positively correlating signals; (d) measuring the intensity of each positivley coreelating signal and scoring its absolute signal intensity or its relative signal intensity using a discrimination function; (e) applying a threshold to the score values obtained from the discrimination function to detemiine the presence or absence of the biomarker.

L'invention a pour objet un procédé permettant de déterminer la présence d'un ou de plusieurs marqueurs biologiques polypeptidiques dans un échantillon. Le procédé comprend les étapes consistant à : (a) soumettre l'échantillon à une analyse spectrométrique de masse (SM) et enregistrer le temps de rétention et la masse correspondante de chaque signal détecté ; (b) comparer la masse correspondant à chaque signal avec une base de données de référence de masses de marqueurs biologiques afin d'obtenir une corrélation entre chaque signal et un marqueur biologique de référence, puis se débarrasser des signaux dont les masses ne correspondent à celle d'aucun marqueur biologique de référence ; (c) stocker les signaux dont les masses corrèlent avec un marqueur biologique de référence ; (d) confirmer la corrélation entre chaque signal stocké et un marqueur biologique de référence en opposant le spectre SM de chaque signal au spectre SM du marqueur biologique de référence dans la base de données au moyen d'une mesure de similitude afin de définir un ensemble de signaux corrélant positivement ; (e) mesurer l'intensité de chaque signal corrélant positivement et enregistrer son intensité absolue ou son intensité relative au moyen d'une fonction de discrimination ; (f) appliquer un seuil aux valeurs obtenues au moyen de la fonction de discrimination afin de déterminer la présence ou l'absence du marqueur biologique recherché.

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