C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/70 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2215073
The present invention relates to a method for the rapid and reliable detection of drug-induced mutations in the reverse transcriptase gene allowing the simultaneous characterization of a range of codons involved in drug resistance using specific sets of probes optimized to function together in a reverse- hybridization assay. More particularly, the present invention relates to a method for determining the susceptibility to antiviral drugs of HIV strains present in a biological sample, comprising: (i) if need be releasing, isolating or concentrating the polynucleic acids present in the sample; (ii) if need be amplifying the relevant part of the reverse transcriptase genes present in said sample with at least one suitable primer pair; (iii) hybridizing the polynucleic acids of step (i) or (ii) with at least two RT gene probes hybridizing specifically to one or more target sequences with said probes being applied to known locations on a solid support and with said probes being capable of simultaneously hybridizing to their respective target regions under appropriate hybridization and wash conditions allowing the detection of homologous targets, or said probes hybridizing specifically with a sequence complementary to any of said target sequences, or a sequence wherein T is replaced by U; (iv) detecting the hybrids formed in step (iii); (v) inferring the nucleotide sequence at the codons of interest and/or the amino acids of the codons of interest and/or antiviral drug resistance spectrum, and possibly the type of HIV isolates involved from the differential hybridization signal(s) obtained in step (iv).
La présente invention concerne un procédé pour détecter avec rapidité et fiabilité les mutations induites par des médicaments dans le gène de la transcriptase réverse. Ces procédés permettent de caractériser simultanément une gamme de codons jouant un rôle dans la résistance aux médicaments, à l'aide d'un ensemble spécifique de sondes optimisées pour fonctionner ensemble dans un dosage d'hybridation reverse. Plus particulièrement, la présente invention concerne un procédé pour déterminer la susceptibilité aux médicaments antiviraux de souches de VIH présentes dans l'échantillon biologique. Ce procédé consiste: (i) si nécessaire, à isoler ou concentrer les acides polynucléides présents dans l'échantillon; (ii) si nécessaire, à amplifier la partie concernée des gènes de la transcriptase réverse présents dans l'échantillon avec au moins une paire d'amorces appropriée; (iii) à hybrider les acides polynucléiques de l'étape (i) ou (ii) avec au moins deux sondes de gènes de transcriptase réverse, en les hybridant de manière spécifique à une ou plusieurs séquences cibles, lesdites sondes étant appliquées sur des emplacements connus sur un support solide et lesdites sondes pouvant assurer une hybridation simultanée dans leurs régions cibles correspondantes dans des conditions d'hybridation et de lavage appropriées, ce qui permet la détection de cibles homologues, ou lesdites sondes assurant une hybridation spécifique avec une séquence complémentaire de l'une de ces séquences cibles, ou une séquence dans laquelle T est remplacé par U; (iv) à détecter les hybrides formés dans l'étape (iii); (v) à inférer la séquence de nucléotides au niveau des codons d'intérêt et/ou les acides aminés des codons d'intérêt et/ou le spectre de résistance aux médicaments antiviraux, et éventuellement, les isolats du VIH impliqués dans le signal ou les signaux d'hybridation différentiel(s) obtenus à l'étape (iv).
Louwagie Joost
Rossau Rudi
Stuyver Lieven
Innogenetics N.v.
Smart & Biggar
LandOfFree
Method for detection of drug-induced mutations in the... does not yet have a rating. At this time, there are no reviews or comments for this patent.
If you have personal experience with Method for detection of drug-induced mutations in the..., we encourage you to share that experience with our LandOfFree.com community. Your opinion is very important and Method for detection of drug-induced mutations in the... will most certainly appreciate the feedback.
Profile ID: LFCA-PAI-O-2056131